VUA HÀM NGHI
Thời gian tại Kinh thành Huế
Khâm sứ Pierre Paul Rheinart thấy Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết tự tiện lập vua, không hỏi ý kiến đúng như đã giao kết nên gửi quân vào Huế bắt Triều đình phải xin phép. Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết phải làm tờ xin phép bằng chữ Nôm nhưng viên Khâm sứ không chịu, bắt làm bằng chữ Nho. Hai ông phải viết lại, viên Khâm sứ mới chịu và sau đó đi cửa chính vào điện làm lễ phong vương cho vua Hàm Nghi. Công việc đầu tiên mà vua Hàm Nghi phải thủ vai, dưới sự hướng dẫn của Tôn Thất Thuyết là tổ chức đón phái đoàn Pháp từ Tòa khâm sứ ở bờ Nam sông Hương sang điện Thái Hoà làm lễ tôn vương cho nhà vua. Đây là thắng lợi mà phe chủ chiến của triều đình Huế đã đạt được trong việc bảo vệ ngai vàng của Hàm Nghi; còn đối với người Pháp thì sau những yêu sách, đòi hỏi bất thành, họ đành phải nhân nhượng để tránh thêm những rắc rối mới bằng cách chấp nhận một sự việc đã rồi.
Lúc 9 giờ sáng ngày 17 tháng 8 năm 1884, phái đoàn Pháp gồm Đại tá Guerrier, Khâm sứ Rheinart, Thuyền trưởng Wallarrmé cùng 185 sĩ quan binh lính kéo sang Hoàng thành Huế. Guerrier buộc triều đình Huế phải để toàn bộ quân Pháp tiến vào Ngọ Môn bằng lối giữa, là lối chỉ dành cho vua đi, nhưng Tôn Thất Thuyết nhất định cự tuyệt. Cuối cùng chỉ có 3 sứ giả được vào cổng chính, còn lại các thành phần khác thì đi cổng hai bên. Cả triều đình Huế và phái đoàn Pháp đều mang tâm trạng không vừa lòng nhau, nhưng buổi lễ thọ phong cuối cùng cũng kết thúc êm thấm. Lúc phái đoàn Pháp cáo từ, Tôn Thất thuyết đã ngầm cho quân lính đóng cửa chính ở Ngọ Môn lại nên đoàn Pháp phải theo hai lối cửa bên để về. Nhìn nhận về sự kiện này, Marcel Gaultier đã viết: " Vua Hàm Nghi đã giữ được tính chất thiêng liêng đối với thần dân mình. Vô tình vị vua trẻ tuổi đã làm một việc có ảnh hưởng vang dội khắp nước: với ý chí cương quyết độc lập và dù người Pháp có đóng quan tại Huế, triều đình An Nam vẫn biểu dương một thái độ không hèn. Thái độ ấy do Hội đồng Phụ chính đề ra. Hội đồng ấy rất có lý mà tin chắc rằng dân chúng trông vào thái độ của nhà vua để noi theo, xem thái độ ấy như mệnh lệnh [chống lại người Pháp] không nói ra bằng lời..."[2]
Năm sau 1885, Thống tướng de Courcy được chính phủ Pháp cử sang Việt Nam để phụ lực vào việc đặt nền bảo hộ. Tướng de Courcy muốn vào yết kiến vua Hàm Nghi nhưng lại muốn là toàn thể binh lính của mình, 500 người, đi vào cửa chánh là cửa dành riêng cho đại khách. Triều đình Huế xin để quân lính đi cửa hai bên, chỉ có các bậc tướng lĩnh là đi cửa chánh cho đứng với nghi thức triều đinh, nhưng de Courcy nhất định không chịu.

Phong trào Cần Vương
Trong suốt thời gian kháng chiến của vua Hàm Nghi, ba bà Thái hậu và vua Đồng Khánh liên tục gửi thư kêu gọi vua trở về nhưng ông khẳng khái từ chối. Toàn quyền Pháp ở Đông Dương là Paul Bert cũng đã định lập Hàm Nghi làm vua 4 tỉnh Thanh Nghệ Tĩnh Bình nhưng cũng không thành. Nhà vua thường nói mình ưa chết trong rừng hơn là trở về làm vua mà ở trong vòng cương tỏa của người[5]. Tại căn cứ địa lãnh đạo phong trào Cần Vương, vua Hàm Nghi được Tôn Thất Thuyết cử con là Tôn Thất Đạm và Tôn Thất Thiệp hộ giá bảo vệ, cùng đề đốc Lê Trực, Nguyễn Phạm Tuân chia nhau phòng thủ và tấn công lực lượng Pháp trong vùng.
Tháng 9 năm 1888, suất đội Nguyễn Đình Tình ra đầu thú với Pháp tại đồn Đồng Cá. Nguyễn Đình Tình lại dụ được Trương Quang Ngọc về đầu thú. Sau đó Nguyễn Đình Tình và Trương Quang Ngọc tình nguyện với Pháp đem quân đi vây bắt vua Hàm Nghi. Đêm khuya 26 tháng 9 1888[7], vua Hàm Nghi bị bắt khi đang ngủ, Tôn Thất Thiệp bị đâm chết. Nhà vua đã chỉ thẳng vào mặt Trương Quang Ngọc mà nói rằng: "Mi giết ta đi còn hơn là mi mang ta ra nộp cho Tây". Vua Hàm Nghi khi đó 17 tuổi, chống Pháp được ba năm.
Từ cái đêm đó ở bờ khe Tá Bào, huyện Tuyên Hóa (nay là huyện Minh Hóa) tỉnh Quảng Bình, Trương Quang Ngọc mang vua Hàm Nghi về các đồn Thanh Lạng, Đồng Ca rồi sang Quảng Khê và đến đồn Thuận Bài vào chiều ngày 14 tháng 11 năm 1888. Quân Pháp tổ chức chào đón vua rất long trọng nhưng vua đã tỏ ra không hiểu, không nhận mình là vua Hàm Nghi. Viên trung uý chỉ huy quân đội Bonnefoy đã chuyển bức thư của Tôn Thất Đàm gửi cho vua Hàm Nghi xem nhưng nhà vua ném lá